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Publikationstyp: Bakkalaureatsarbeit
Dokumenttyp:

Jahr: 2012

AutorInnen: Hagen, Benedikt

Titel: Analysis of retroviral gene expression in feline lymphoma using qPCR and next-generation-sequencing technology.

Titelvariante: Analyse retroviraler Gen-Expression im felinen Lymphom mithilfe von qPCR und next-generation-sequencing Technologie

Quelle: Bakkalaureatsarbeit, Vet. Med. Univ. Wien, pp. 32.


Betreut von:

Klein Dieter

Begutachtet von:
Schlötterer Christian

Einrichtung:
VetCore


Abschluss Datum: 26.09.12


Abstract:
Sowohl endogene als auch exogene Sequenzen des Felinen Leukämievirus (FeLV) kommen im Genom der Hauskatze und verschiedener Wildkatzen vor. Beide Virusformen werden mit der Entstehung von Lymphomen in Zusammenhang gebracht. Aufgrund von systematischen Impf-Programmen ist die Zahl der Infektionen mit exogenem FeLV (exFeLV) zwar drastisch gesunken, die Zahl der Lymphome in virusnegativen Katzen jedoch gestiegen. Folglich hat das Verständnis der Vorgänge die zur Bildung von Lymphomen der Katze führen an Bedeutung gewonnen. Das endogene Virus wird von Generation zu Generation über vertikalen Gentransfer weitergegeben und hat die Fähigkeit infektiöse Viruspartikel zu produzieren verloren. Diese endogenen FeLV Varianten können aufgrund ihrer Unterschiede hinsichtlich der genomischen Sequenz anhand von quantitativer real-time PCR, als auch Next-Generation-Sequencing (NGS) indentifiziert werden. Wir verwendeten NGS auf Grundlage der Illumina Technologie sowie reverse-transkriptase quantitative real-time PCR um die Expression endogener retroviraler Gene zu untersuchen. Eine Infektion mit exogenem FeLV und dem Felinen Immundefizienz Virus (FIV) wurde dabei im Vorfeld ausgeschlossen. Das Next-Generation-Sequencing zeigt eine höhere Expression von enFeLV Genen in Lymphknoten im Vergleich zu den Lymphom Proben. Diese Ergebnisse konnte auch die RT-qPCR untermauern. Die Kopienzahlen der qPCR sowie die reads aus der Sequenzierung wurden anhand der GAPDH Expression der Proben normalisiert, um eine Vergleichbarkeit beider Methoden zu gewährleisten. Die NGS Ergebnisse zeigen hierbei einen 4.5 fachen, die RT-qPCR einen 4.6 fachen Unterschied in der Expression endogener retroviraler Gene zwischen Lymphomen und Gewebestandarts. Diese Ergebnisse stehen im Gegensatz zu Entdeckungen, beispielsweise bei Menschen und Mäusen. Hier sind höhere Expressionswerte endogener Retroviren mit der Bildung von Lymphomen verknüpft. Daraus lässt sich auf eine möglicherweise noch nicht bekannte Rolle des endogenen FeLV in der Bildung lymphatischer Neoplasien in Katzen schließen.


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