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Publikationstyp: Bakkalaureatsarbeit
Dokumenttyp:

Jahr: 2012

AutorInnen: Ertl, Daniel

Titel: Transcriptom and pathway analysis of Feline Lymphoma using RNA- Seq technology.

Titelvariante: Transkriptom- und Pathwayanalyse des felinen Lymphoms mittels RNA-Sey Technologie

Quelle: Bakkalaureatsarbeit, Vet. Med. Univ. Wien, pp. 42.


Betreut von:

Klein Dieter

Begutachtet von:
Walter Ingrid

Einrichtung:
VetCore


Abschluss Datum: 26.09.12


Abstract:
Das feline Lymphom macht etwa ein Drittel aller bösartigen Tumore bei Katzen aus. Verschiedene Faktoren, wie Infektionen mit Retrovieren, Immunsuppression, chronische Entzündungen und Passivrauchen werden als Hauptgründe für die Entstehung von Lymphomen vermutet. Um die pathogenen Aspekte bei der Tumorgenese erforschen zu können, wurden das Transcriptom des felinen Lymphoms durch „Second Generation Sequencing“ analysiert und im Zuge dieser Arbeit mit Zellen aus gesundem lymphatischen Gewebe verglichen. Nach der Isolation der RNA aus den Proben wurde eine Qualitätsprüfung durchgeführt. Diese diente dazu, bei der Erstellung der cDNA Bibliotheken und der anschließende RNA- Sequenzierung nur Proben mit einem hohen RNA Qualität / Integrität zu verwenden. Als Plattform für Sequenzierung dieser Proben diente ein Illumina Genome Analzyer IIX (Illumina, Inc). Mittels QSeg (DNASTAR, Inc.) Software wurden die Sequenzierungsdaten dem Referenzgenom der Katze zugeordnet. Bei diesem Schritt konnten Zahlreiche unterschiedlich exprimierte Gene in den Lymphomzellen aufgezeigt werden. Mit Hilfe der IPA Analyse Software (Ingenuity, Inc.) wurden diese unterschiedlich exprimierten Gene analysiert. Dadurch konnten einige direkt beeinflusste Pathways detektiert werden, welche stark an der Entstehung von Krebs beteiligt sind. Auch eine Vielfalt an verschiedenen Krebs assoziierten Krankheiten und Abläufen, konnte mit unserem Datensatz in Verbindung gebracht werden. Obwohl einige Analogien zwischen unseren Resultaten und dem aktuellen Forschungsstand gefunden wurden, sind weitere Untersuchungen und Analysen notwendig um detaillierte Information über die molekularen Abläufe und die Entstehung des felinen Lymphoms zu erhalten.


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