Veterinärmedizinische Universität Wien Forschungsinformationssystem VetDoc

Grafischer Link zur Startseite der Vetmeduni Vienna

Gewählte Publikation:

Open Access Logo

Publikationstyp: Bakkalaureatsarbeit
Dokumenttyp:

Jahr: 2012

AutorInnen: Philippi Novak, Tabea

Titel: Analyse des zellulären Transkriptoms von Felines Immundefizienz Virus-infizierten Zellen mithilfe von Next Generation Sequencing-Technologie.

Titelvariante: Analysis of the cellular transcriptome in FIV-infected cells with Next-Gneration Sequencing technology

Quelle: Bakkalaureatsarbeit, Vet. Med. Univ. Wien, pp. 57.


Betreut von:

Klein Dieter

Begutachtet von:
Walter Ingrid

Einrichtung:
VetCore


Abschluss Datum: 05.10.12


Abstract:
Das Feline Immundefizienz-Virus (FIV) ist einer der Hauptauslöser einer Immunschwächekrankheit bei Katzen, die als Felines Immundefizienzsyndrom bezeichnet wird. Die betroffenen Tiere zeigen einen ähnlichen Krankheitsverlauf wie humane Infektionen mit dem humanen Immundefizienz-Virus (HIV). So konnte beispielsweise eine Verringerung des CD4+/CD8+ T-Zell-Ratios festgestellt werden. Auch bei der Entstehung von Krebs wird wie anderen Retroviren, FIV eine bestimmte Rolle zugesprochen. Inhaltlicher Schwerpunkt dieser Arbeit ist das Untersuchen des Einflusses von FIV auf die zelluläre Genexpression mithilfe der „Next-Generation-Sequencing“-Technologie. Als Untersuchungsmaterial dienten hierfür zwei FIV-Stämme, die sich vor allem in ihrer Pathogenität unterscheiden, sowie einer felinen Zelllinie (CrFK), die mit den beiden Virus-Stämmen infiziert wurde. FIV Petaluma (PET) ist ein Stamm mit geringer Virulenz. So sind im Plasma infizierter Katzen nur wenige Virusmengen nachweisbar, eine Verminderung des CD4+/CD8+ T-Zell-Ratios wird beobachtet. Dem gegenüber gestellt ist FIV-Glasgow 8 (Gl 8) ein hoch-pathogener Virus- Stamm, der sowohl eine hohe Plasma-Virus-Menge, als auch eine signifikante Reduktion des CD4+/CD8+ T-Zell-Ratios mit sich bringt. Im Rahmen dieses Projekts wurden RNAProben von infizierten und nicht-infizierten (Kontrollgruppe) CrFK-Zellen mittels RNASequencing untersucht. Durch das Vergleichen der mRNA sequencing reads zwischen infizierten und nicht-infizierten Proben konnten einige durch das Virus regulierte zelluläre Gene detektiert werden. Auch innerhalb der infizierten Zellen konnten hinsichtlich der zwei verschiedenen Virus-Stämme quantitative, wie auch qualitative Unterschiede im Genexpressionsmuster aufgezeigt werden. Es folgte eine Analyse der Gene hinsichtlich ihrer physiologischen Rolle im Organismus, sprich ob und in welchen Pathways sie involviert sind. Hierfür wurde das Inguinity Pathway Analysis Tool (IPA) benutzt. Eine auffällig hohe Expression im Verhältnis zu nicht-infizierten Zellen erfährt das Gen, welches den peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG) codiert. In mit Glasgow 8 infizierten Zellen wurde eine 44fache Erhöhung festgestellt. PPARG spielt eine wichtige Rolle in der Regulation der Differenzierung von Adipozyten. Darüber hinaus wird PPARG eine gewisse Relevanz in der Pathogenese bestimmter Krankheiten, wie Adipositas, Diabetes und Krebs zugesprochen. Die Analyse ergab desweiteren, dass beide Virus-Stämme einen erheblichen Effekt auf die Expression Kollagen-assoziierter Gene, wie COL3A1 und COL2A1 ausüben.


© Veterinärmedizinische Universität Wien Hilfe und Downloads